Suku Dinas Pendidikan Kota Administrasi dipimpin oleh seorang Kepala Suku Dinas Pendidikan yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas Pendidikan. Di setiap wilayah Kota Administrasi, dibentuk 2 (dua) Suku Dinas, yaitu Suku Dinas Pendidikan Wilayah I dan Wilayah II untuk masing-masing wilayah, yang terdiri dari Jakarta Pusat, Jakarta Selatan, Jakarta Barat, Jakarta Utara, dan Jakarta Timur.